IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 檢測

分析驗證與跨特異性研究

IDEXX 參考實驗室開發出全新即時 PCR 檢測,可依據人類疫情中已發布的病毒遺傳序列的獨特比對來檢測 SARS-CoV-2 (COVID-19)。IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 檢測符合所有分析驗證要求。特異性研究顯示,新的 PCR 檢測對影響同伴動物的普通獸醫冠狀病毒沒有交叉反應。同樣地,目前可用於此類獸醫冠狀病毒的 RealPCR 檢測也無法檢測到合成的 COVID-19 核酸。IDEXX RealPCR 診斷檢測是於加州西沙加緬度的分子診斷 (PCR) 實驗室的標準即時 PCR 平台上設計與執行的。有超過 3500 隻犬、貓與馬的樣本以新的 IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 檢測篩檢。自 2020 年 2 月 14 日開始,美國與韓國在四個星期的期間內送交了患者樣本,其中包括來自西雅圖等目前有出現人類 COVID-19 病例的地區。樣本同時也以來自美國疾病管制與預防中心 (CDC) 的三種分析法同時進行。迄今為止都沒有在任何樣本中檢測到陽性反應。送交診斷呼吸 RealPCR 檢測套組的犬貓樣本監測正在進行中,並將擴大到全球範圍的其他地區。

分析法設計與分析驗證

IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 檢測是針對與 CDC 分析法中使用的相同核衣殼基因為標靶。此標靶以顯示高度保守性的序列分析為基礎,並經過調整以符合我們標準化平台的熔點與分析要求。首先,檢測的驗證涉及針對超過 300 個可公開獲得的遺傳序列的序列比對分析。再者,使用合成的陽性對照以在功能上驗證分析法的效果,這符合擴增效率、組內與組間再現性時雜訊強健性的要求。此外,為了進一步確認,IDEXX 採用了三種 CDC 分析法,與 IDEXX 的分析法同時進行。三種確認用的分析法取自 CDC,最初於 2020 年 1 月 24 日發布。1,2

使用合成陽性獸醫冠狀病毒標靶以及經由 IDEXX 診斷產品送交的 PCR 陽性犬呼吸道冠狀病毒、犬貓腸內型冠狀病毒,以及馬腸內型冠狀病毒樣本,證實了全部四種分析法 (SARS-COV-2) 的交叉特異性。在即時 PCR 驗證階段與篩選期間進行了以下控制: 

  • 陰性萃取對照 (NEC):所有陰性萃取對照均由 PCR 評為陰性。
  • 使用即時 TaqMan® PCR 分析法對內源控制基因進行分析前樣本品質控制。所有樣本,無論是陰性或陽性特徵,均通過樣本品質控制。
  • PCR 陰性對照:所有 PCR 陰性對照均評為陰性。
  • PCR 陽性對照:所有 PCR 陽性對照(合成陽性對照)的檢測結果均為陽性。
  • 環境污染監控:PCR 實驗室內不同位置的所有樣本的污染監測結果均為陰性

經由 IDEXX 診斷產品送交的 PCR 陽性犬呼吸道冠狀病毒、犬貓腸內型冠狀病毒與馬腸內型冠狀病毒的樣本,也針對所有 SARS-CoV-2 分析法進行了篩檢。所有 CDC 分析法與 IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 分析法在其他冠狀病毒的這種群體的檢測均呈陰性。

篩檢方法

從經由 IDEXX RealPCR 診斷產品送交的樣本中隨機選擇樣本,包括犬呼吸道、貓呼吸道、馬呼吸道、貓腹瀉、犬腹瀉與馬腹瀉。用於篩檢的初始樣本包括拭子(多數為深咽[咽喉]與結膜[眼部]拭子)與糞便。從 2 月 14 日到 3 月 12 日所篩檢的超過 3500 個樣本中:

  • 篩檢的樣本來自美國全部 50 州與韓國。
  • 55% 的樣本來自犬,41% 的樣本來自貓,4% 的樣本來自馬。
  • 呼吸系統佔 77%,糞便佔 23%。

 

參考文獻

  1. 美國疾病管制與預防中心病毒疾病部門。CDC 2019-新型冠狀病毒 (2019-nCoV) 即時 RT-PCR 診斷檢測套組使用說明。CDC 出版物 CDC-006-00019,修訂版:02. www.fda.gov/media/134922/download自 2020 年 3 月 15 日起生效。存取於 2020 年 3 月 16 日。
  2.  美國疾病管制與預防中心病毒疾病部門。僅供研究使用之鑑定 2019-nCoV 即時 RT-PCR 協議。www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-detection-instructions.html更新於 2020 年 3 月 14 日。存取於 2020 年 3 月 16 日。

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