IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 檢測

分析方法學驗證與交互特異性研究

IDEXX 參考實驗室開發出全新real-time PCR 檢測,依據人類疫情已發表的病毒基因序列的獨特比對片段來偵測 SARS-CoV-2 (COVID-19)。IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 檢測達到所有分析驗證的要求。特異性研究顯示,新的 PCR 檢測對寵物常見的冠狀病毒沒有交互反應。同樣地,目前可用於寵物常見冠狀病毒的 RealPCR 檢測也確認無法檢測到合成的 COVID-19 核酸。IDEXX RealPCR 診斷檢測是以real time PCR 的標準作業形式設計與執行於加州西沙加緬度(West Sacramento)的分子診斷 (PCR) 實驗室。新的 IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 檢測已篩檢了超過4000隻犬、貓與馬的樣本。自 2020 年 2 月 14 日起四週期間,送達IDEXX參考實驗室進行呼吸道PCR套組(Respiratory PCR panels)檢測的樣本,用來進行SARS-CoV-2 PCR檢測的開發與分析方法學驗證。這些樣本來自於美國與韓國,以及來自西雅圖等目前有出現人類 COVID-19 疫情的地區。樣本同時也透過美國疾病管制與預防中心 (CDC) 以三種分析方法學同時進行檢測。從三月中旬開始,IDEXX目前已將監測擴大到加拿大以及歐洲國家等地區,包含了COVID-19人類發生率高的地區,迄今,所有檢測的檢體都是COVID-19陰性。

分析方法學設計與分析方法學驗證

IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 檢測是偵測與 CDC 分析方法學中相同的核衣外殼基因序列。此基因片段透過基因序列比對顯示有高度的一致性,並經過調整以符合我們標準化檢測模式的熔點與分析要求。檢測方法學驗證的第一步,針對超過 300 個已發表的可公開獲取的遺傳序列進行blast比對分析。第二步,使用合成基因作為陽性對照,確保檢測在功能上驗證檢測的效果,確認檢測表現符合訊號擴增效率、實驗組內與實驗組間的再現性與相關性等表現要求。此外,為了進一步確認,IDEXX 採用了三種 CDC 使用的分析法,與 IDEXX 的分析法同時進行。三種確認用的分析法學取自於 CDC 2020 年 1 月 24 日所發布的方法學。1,2

使用合成的陽性寵物冠狀病毒基因片段,以及經由 IDEXX 診斷服務送檢的犬呼吸道冠狀病毒、犬貓腸內型冠狀病毒、以及馬腸內型冠狀病毒PCR陽性樣本,確認了四種方法學 (SARS-COV-2) 的交互特異性表現。在 real-time PCR 驗證階段與篩檢期間進行了以下的檢測品管分析: 

  • 陰性萃取對照 (NEC):所有陰性萃取對照均由 PCR 檢測為陰性。
  • 使用real-time TaqMan® PCR 試劑對檢體的內源控制基因進行檢測前的樣本品質管控。所有檢體,無論是陰性或陽性,均須通過樣本品質管控。
  • PCR 陰性對照:所有 PCR 陰性對照均檢測為陰性。
  • PCR 陽性對照:所有 PCR 陽性對照(合成的陽性樣本)的檢測結果均為陽性。
  • 環境污染監控:PCR 實驗室內不同位置的環境採樣樣本監測結果均為陰性

經由 IDEXX 診斷服務送交的犬呼吸道冠狀病毒、犬貓腸內型冠狀病毒與馬腸內型冠狀病毒的PCR陽性樣本,也以所有的 SARS-CoV-2 分析法進行了篩檢。所有 CDC 的分析法與 IDEXX SARS-CoV-2 (COVID-19) RealPCR 分析法對於這些種類的冠狀病毒檢測皆呈陰性。

篩檢方法

樣本選擇是經由送交 IDEXX RealPCR 登入系統內的檢體隨機選擇,送檢項目包括犬呼吸道、貓呼吸道、馬呼吸道、貓腹瀉、犬腹瀉與馬腹瀉套組。用於篩檢的採樣檢體包括採樣棉花棒(多數為[咽喉深部採樣]與結膜[眼部]採樣)以及糞便採樣。截至四月中旬,篩檢超過 5000 個樣本中:

  • 篩檢的樣本來自美國全部 50 州與韓國。
  • 55% 的樣本來自犬,41% 的樣本來自貓,4% 的樣本來自馬。
  • 呼吸道檢體佔 77%,糞便檢體佔 23%。

 

參考文獻

  1. Centers for Disease Control and Prevention, Division of Viral Diseases. CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel Instructions for Use. CDC publication CDC-006-00019, Revision: 02. www.fda.gov/media/134922/download. Effective March 15, 2020. Accessed March 16, 2020.
  2.  Centers for Disease Control and Prevention, Division of Viral Diseases. Research Use Only Real-Time RT-PCR Protocol for Identification of 2019-nCoV. www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-detection-instructions.html. Updated March 14, 2020. Accessed March 16, 2020.

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